后元二年（前87年）春，刘彻病重，迁居于郊外长杨宫、五柞宫。期间有“望气者”说长安狱中有天子气，刘彻趁机下令处死关押在长安狱中的所有犯人，包括刘据之孙，却被丙吉极力阻止，刘彻遂感慨天意如此，放弃屠狱之令。不久后的二月十二日，弥留之际的刘彻正式下诏立刘弗陵为皇太子，次日，霍光、金日磾、上官桀、桑弘羊在刘彻卧室内床下拜受顾命。二月十四日，刘彻驾崩，三月下葬于茂陵。谥号孝武皇帝。刘弗陵即位，是为昭帝。十三年后，刘据之孙刘询继承皇位，是为宣帝，于本始二年（前72年）追上刘彻庙号为“世宗”。
官制改革
刘彻为了强化专制皇权与中央集权，对官制进行了如下改革：
废止太尉一职，后新设大司马，以卫青、霍去病充任，但只是给贵戚的尊宠之位，并不负责军政。因此宰相之职从三公（丞相、御史大夫、太尉）变为二府（丞相、御史大夫）。
起用近臣参与决策，以制衡丞相权力。刘彻提拔一批有才干的士人，在宫中充当皇帝近侍的将军、侍中、常侍、给事中等官职，成为“出入禁门腹心之臣”。刘彻用近臣参与决策的代表性的例子有用严助之策否决田蚡之策，出兵攻闽越、救东瓯，以及用主父偃之策行推恩令来削弱诸侯王，临终前所托孤的四大臣亦皆为近臣。由此逐渐形成了侍中为代表的“中朝官”和丞相为代表的“外朝官”的二元体制。
赋予宦官职权。刘彻所重用的“近臣”除了士人，还有宦官。因为他“游宴后庭”，所以让宦官主管机密事务的上奏，开启了宦官掌管尚书(主管群臣奏章等文书)的先河，称之为“中书谒者”，同时设中书谒者令、中书谒者仆射，均由宦官担任。然而刘彻后期，宦官苏文、常融等人诬陷太子刘据，最终酿成巫蛊之祸。刘彻在位时，伴随着皇权的增强，宦官势力进一步发展，活跃于内朝，刘彻设置中书谒者令，以宦官充任，出纳诏令及掌管内朝机要。中书令的设置，从制度上来说，开创了宦官典领中枢的先河。这是两汉宦官制度史中的一次极为重要的转折，为后来的宦官专权提供了范式。
加强监察官职，元狩五年（前118年）在丞相府增设司直一职，协助丞相检举不法。元封五年（前106年）依据《禹贡》《职方》等古籍，分天下为十三州，每州设刺史，以六条问事来监察州内地方官及豪强。征和四年（前89年）设司隶校尉，监督朝中百官和京畿七郡。刘彻在位后期，还有非常设的绣衣直指（绣衣使者），代表皇帝处理盗贼及重大案件。
外戚政策。汉景帝时期开始了以姻亲封外戚为侯的先例，但当时外戚并未进入权力核心圈子汉武帝即位，作为帝舅的田蚡、田胜都以亲亲封侯。武安侯田蚡先为太尉，后“以肺腑为相”，权极一时。田以帝舅身份为丞相“入奏事，语移日，所言皆听荐人或起家至二千石，权移主上”。尽管田蚡势大，但仍未达到专权的局面。田蚡之后，武帝严格控制外戚以姻亲封侯。卫青、霍去病、李广利等贵戚皆以军功封侯，三人虽贵为将军，但不能染指政治。武帝临终前，遗诏封霍光博陆侯，引发外戚专权的局面。
刘彻坚持法治方针，对犯法的皇亲国戚也不纵容，不惜处死自己的外甥兼女婿昭平君，并嘉奖提拔了逮捕自己另一外甥（异父姐金俗之子）的义纵。但也有例外，如因倡优郭舍人巧妙求情而饶恕了自己的乳母（东武侯郭他之母，因家人犯法被迁徙边塞）。
为了强化法制，刘彻于元光五年（前130年）命中大夫张汤、赵禹修订律令，最终确立了汉律的框架，即律、令共计359章，死刑409条、1882事，死罪决事比事。其中代表性的例子就是强化了“见知故纵监临部主法”的规定，即主管官吏故意放跑罪犯就与犯罪者同罪；同时“缓深故之罪”，即放宽对官吏制造冤假错案的治罪。由此引发了刘彻在位时期的严刑峻法和酷吏盛行之风，刘彻还打击关东社会的豪侠，迁徙关东豪侠于关中、并族诛豪侠郭解，以促使汉律下沉到关东基层社会。此外，刘彻在位时期，在董仲舒等人的推动下，实现了司法的初步儒家化，开启了春秋决狱的先河。
刘彻在位后期，社会矛盾尖锐，农民起义频繁，刘彻为此派绣衣直指诛杀镇压不力的官吏，并颁布“沉命法”，严厉督促地方官吏剿灭盗贼。但地方官吏畏惧法令，往往隐匿不报，如此形成了恶性循环。
用人政策
汉初以来，朝廷要职被列侯（一般为功臣或外戚）垄断，并通过“任子”的方式世代为官。刘彻则不拘一格，唯才是举，大胆提拔人才，并量才任用，这种用人方针体现在他于元封五年（前106年）所颁求贤诏书（武帝求茂才异等诏）中，他所提拔的人才中，不乏出身下贱或寒门之人，文有主父偃、卜式、公孙弘、儿宽、朱买臣、桑弘羊等，武有卫青、霍去病、李广利等，甚至晚年还提拔了匈奴俘虏金日磾为顾命大臣。后世班固称赞“汉之得人，于兹为盛”，因此刘彻一朝所创造的业绩“后世莫及”。
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