鄂君的言论正中刘邦下怀，于是就下令萧何排名功臣第一，赐给他特殊的礼遇：可以带剑穿履上殿，入朝拜见时不必同别的臣下一样小步快走。当天刘邦还全部封赏了萧何的父子兄弟十多人，又因为当年萧何送行时比别人多给了两百钱，刘邦加封萧何二千户食邑。这样，萧何位列众卿之首，被称为“开国第一侯”，食邑万户。
行赏分封诸侯后，定都的问题又迫在眉睫。起初，打算定都洛阳，后来戍卒娄敬面见刘邦，建议依借关中的险要形势，定都关中。刘邦征求张良的意见后，当即决定定都关中。并封娄敬为奉春君，赐姓刘。于是，刘邦暂居栎阳，汉高帝七年（前201年），长乐宫落成，丞相以下官员都转移到都城长安办公。
汉高帝八年（前200年），萧何营建未央宫，建立东阙、北阙、前殿、武库、太仓。刘邦回来，看见宫阙极为壮丽，非常生气，对萧何说：“天下喧扰不安，苦战数年，成败尚未可知，现在为什么要修建宫至豪华过度呢？”
萧何说：“正是因为天下没有安定，所以才乘这个时机建成宫室。况且天子以四海为家，宫室不壮观华丽，就不足以彰显天子的尊贵和威严，并且也是为了不让后代再来加盖。”刘邦心情这才好起来。
汉高帝六年四月（前201年5月14日至6月12日），楚王韩信因“擅发兵”被夺去兵权带到洛阳，降格为淮阴侯。
汉十年（前197年），阳夏侯陈豨发动叛乱，刘邦亲自率领兵马前往讨伐，韩信托病没有随从。他暗中派人到陈豨处说：“只管起兵，我在这里协助您。”随后和家臣商量，趁夜假传诏书赦免各官府服役的罪犯和奴隶，打算发动他们去袭击吕后和太子。部署完毕，等待着陈豨的消息。
韩信的一位舍人得罪了韩信，韩信把他囚禁起来，打算杀掉他。他的弟弟上书告变，向吕后告发了韩信准备反叛的情况。吕后打算把韩信召来，又害怕他的党羽不到位，于是和萧何合谋，派人假称从刘邦那里回来，说陈豨已被俘获处死，列侯、群臣都要来祝贺。萧何欺骗韩信说：“就算生病，也勉强去祝贺一下吧。”韩信进入宫中，吕后随即命令武士把韩信捆起来，在长乐宫的钟室将他斩杀。韩信临斩时说：“我后悔没有采纳蒯彻的计谋，以致被妇孺之辈所欺骗，难道不是天意吗？”于是诛杀了韩信三族。后人由韩信事迹引申出成语“成也萧何，败也萧何”。
刘邦当时还在平定代地，听说韩信已经被杀的消息后，与张良商议，派遣使者任命丞相萧何为相国，加封食邑五千户，命令安排五百名士兵由一名都尉率领充任相国的卫队。
升任相国之后，许多人都来向萧何道贺，只有召平表示哀吊。召平对萧何说：“您的祸患就此开始了。陛下在外作战冲风冒雨，而您留守京城，并不需要冒着矢石去冲锋陷阵，但陛下却要给您加封食邑、设置卫队，这是因为淮阴侯刚刚在关中谋反，陛下对您也起疑心了。设置卫队围绕着您，不是用来表示恩宠的。希望您辞让封赏不予接受，再把自己的全部家财私产拿出来资助军需，这样陛下心里就会高兴了。”萧何听从了召平的计策，刘邦果然大为高兴。
汉高帝十二年（前195年）秋天，英布起兵反叛，刘邦亲自领军前去讨伐，在军中多次派遣使者来问萧何在做些什么。萧何因为刘邦在前线，就努力安抚勉励百姓，把所有的东西都送去供应军需，就像平定陈豨叛乱时一样。有个说客对萧何说：“您要不了多久就会遭受灭族的惨祸了。您位居相国，功劳第一，地位难道还能更高吗？而您从刚进关中时起，就深得民心，到现在已有十多年了，百姓们都亲附您，您总是勤勉办事，得到百姓的欢心。陛下之所以屡次派人来问您的情况，是怕您利用自己的威望动摇关中。如今您何不多买些田地，并低价赊购、借贷来玷污自己，这样的话陛下就会对您就放心了。”于是萧何听从了他的计策，刘邦非常高兴。
刘邦平定了英布的叛乱，撤军返回长安。百姓们拦路上书告状，控告萧何用低价强行购买民间的土地房屋，价值数千万之多。刘邦回到宫中，萧何前来拜见。刘邦笑着说：“当相国的竟然侵夺民众的财产，为自己谋利！”把百姓们的控告信全部交给萧何，说道：“你自己去向民众谢罪吧！”
萧何乘机为百姓们请求说：“长安一带地方狭窄，而上林苑中空地很多，白白地抛荒，希望下令让民众进去耕种，收成后粮食归耕者所有，禾秸则不许收走，留下来作苑中禽兽的食料。”刘邦大发雷霆，说：“相国你大收商人的财物，却来讨取我的上林苑！”于是就下令把萧何交给廷尉拘禁起来，还给他上了刑具。
过了几天，一个姓王的卫尉侍从刘邦，上前问道：“相国犯了什么大罪，陛下怎么突然把他关起来了？”刘邦说：“我听说李斯担任秦始皇的宰相，办了好事都归功于主上，有了错误则自己承担。如今相国大量接受那些下贱的商人们的金钱，却来为百姓求取我的苑林，想以此来讨好百姓，所以我要把他关起来治罪。”
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