由于几经战事，秦都咸阳被项羽放火烧了三个月，这时的关中已是满目疮痍，残破不堪。萧何以丞相的身份留守后方，负责收服巴蜀，镇守安抚，发布政令，告谕百姓，为在前方作战的军队供给粮食。
汉二年冬十月（前206年11月3日至12月2日），刘邦到达陕县，镇抚关外父老。陆续降服河南国、韩国等地。十一月，刘邦由南郑迁都栎阳，修缮河上塞。秦朝原先的皇家动植物园地及水池，也开放给百姓进行耕种。
汉二年二月癸未日（前205年3月4日），汉朝廷下令废除秦朝的政权标志——社稷坛，建立汉朝的社稷坛。普施恩德，赐民爵禄。蜀汉人民因供应军需负担甚重，免其租税二年。关中士卒从军的，免除其家赋税一年。凡普通百姓年逾五十，德高望重，能领导大家为善的，安排他为“三老”，每乡一人。选择三老一人为“县三老”，和县令、县丞、县尉共议政事，免除其役戍。以十月份（颛顼历一年之始）为酒肉慰劳人民之月。
汉二年（前205年）夏四月，刘邦率军东征，趁项羽攻齐之际，汉军打入西楚首都彭城，不久被项羽回军杀败，军队崩溃逃回荥阳。
汉二年（前205年）五月，汉军在荥阳集结，萧何征集关中老弱及尚未成年的人都到军队前线去。韩信也收聚士卒与刘邦会师，刘邦此时又军威重振。与楚军在荥阳南边京索之间交锋，打败了楚军。汉军在道路两侧筑垣墙，通到河边，以运取临河倚山的敖仓粮食。
汉二年（前205年）六月，刘邦返回都城栎阳，初六日，立儿子刘盈为王太子，赦免罪人。命令诸侯之子在关中的都集中到栎阳担当近卫。
萧何留守关中，侍奉太子刘盈，主理都城栎阳。他制定各种法令制度，设立宗庙、社稷、宫殿、县邑，总是先向刘邦上奏报告，刘邦也总是予以批准，准许施行。有时来不及上奏，就根据实际情况用最合适的方式先行办理，等刘邦回来再报告。萧何在关中管理户口，通过水路和陆路转运军粮，供应前方的军队。刘邦在战场上多次损失军队逃散，萧何常常又征发关中的士卒，及时补充汉军的损失。刘邦因此把关中的事务专门委任给萧何。
汉三年（前204年），刘邦与项羽两军在京索之间对峙，刘邦多次派遣使者到关中去慰劳萧何。鲍生对萧何说：“大王在外，风餐露宿，却屡屡派人来慰劳您，这是起了怀疑您的心思。为您着想，您不如把自己子孙兄弟中能够作战的都派到前线军队中去，这样大王一定会更信任您。”于是萧何听从了他的计策，刘邦大为高兴。
汉五年十二月（前203年12月29日至前202年1月27日），西楚霸王项羽身死。汉五年二月甲午日（前202年2月28日），刘邦在泛水北岸称帝。汉五年五月（前202年5月26日至6月23日），刘邦称帝后，在洛阳南宫大宴群臣。席间询问群臣：“你们都说实话，我为什么能够夺取天下？项羽又为什么会失去天下？”
群臣众说不一，刘邦听了之后说：“你们只知其一，不知其二。若论在军帐中制定作战策略，以此决定千里之外的战役胜败，我比不上张子房；镇守国家，安抚百姓，供给粮饷，保证运粮道路不被阻断，我比不上萧何；统率百万大军，开战则必定胜利，攻城就一定占取，我比不上韩信。这三个人都是人中的俊杰，我却能够使用他们，这就是我能够取得天下的原因所在。项羽虽然有一位范增却不能信用，这就是他败在我手上的原因。”因此萧何、张良、韩信三人也被后世称为“汉初三杰”。
其后论功行赏，刘邦认为萧何功劳最大，封他为酂侯，食邑最多，众将不服，争辩说自己在前线卖命征战，萧何只是在后方舞文弄墨，逞口舌之力，不应位居众人之上。刘邦于是用“功狗功人”来比喻萧何功劳之大，又说：“诸将都是只身追随我，最多再加上两三个亲属，而萧何用整个宗族几十个人都跟随我，他的功劳我是不能忘记的。”
群臣听了才不敢再说什么，等列侯分封完毕，到了排定朝中位次时，群臣都推举曹参说：“平阳侯曹参身受70多处战伤，攻城略地，战功最多，应排第一。”
刘邦已经压过众人一次，重封了萧何，对排位次的事就不好再说什么，不过他心里仍然认为萧何应该排在第一位。这时，关内侯鄂君说道：“在楚汉之争中，陛下有好几次都是全军溃败，只身逃脱，全靠萧何从关中派出军队来补充。有时，就是没有陛下的命令，萧何一次也派遣几万人，正好补充了陛下的急需。不仅是士兵，就是军粮也全靠萧何转漕关中，才保证了供应。这些都是创立汉家天下流传后世的大功劳，怎么能把像曹参等人只是一时的战功列在万世之功的前面呢！依臣之见，萧何应排第一，曹参第二。”
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