选择其中一个作为母本。
在母本水稻即将抽穗前，需要对其进行整穗处理，去除已有的花粉，避免自花授粉。（水稻是雌雄同株的自花授粉作物，小麦也是。）
具体做法是在稻穗露出剑叶叶鞘之前，剪去剑叶尖端，然后将稻穗从叶鞘中轻轻抽出，用镊子摘除未成熟的小穗和已开花小穗中的花药。
在父本花药成熟时，采集父本的稻穗，一般在晴天的上午，选取花药即将开裂的小穗。
将采集到的稻穗放在干净的纸上或培养皿中，待花药自然开裂，花粉散出后，收集花粉备用。
把收集到的父本花粉用授粉工具（如毛笔等）轻轻地涂抹在已去雄的母本柱头上，确保花粉均匀地分布在柱头上。
授粉完成后，对母本稻穗进行标记，通常是立牌标记，注明亲本信息和授粉日期。
在杂交水稻成熟后，单独收获杂交后的种子。
这些种子就是杂交第一代种子，一代种子播种后，需要对其性状表现进行观察和分析。
这是因为杂交是将不同亲本的基因组合在一起。
非同源染色体上的非等位基因自由组合，同源染色体上的等位基因也会发生交叉互换，这使得杂交后代的基因组合具有多样性。
部分一代杂交稻可能达到了杂交所需的形状，部分可能反而结合了两个亲本的缺点。
所以需要再根据育种目标，筛选出目标种子。
通过多代自交，使亲本的遗传性状高度纯合与稳定。
例如，一个具有Aa基因型的杂交个体，自交一代后会产生AA、Aa、aa三种基因型，再从其中选择具有目标性状的个体继续自交。
经过数代后，具有目标性状的纯合子（如AA）比例会不断增加，最终可得到相对稳定遗传性状的纯合个体或株系。
只有这样，在大规模投入民间生产时，才能保证产生具有预期性状的杂种一代效果。
不过即便杂交种子经过了提纯，但实际生产时依然只能选择异株风媒授粉，因为不可能大规模生产时再像实验中那样隔离，并用小毛笔挨个为其人为授粉。
这便导致了杂交种子无法避免地再次接受了非同源性基因，导致后代出现形状分离。
即失去了一代杂交种的各种优势，导致同一批水稻中高矮、产量不一。
所以杂交品种几乎不能自行留种，否则会导致无法避免地减产。
而野生稻在极为漫长的自然进化过程中，其种群内个体经过多代的自然选择和自交，基因趋于高度纯合。
这才使得其形状分离现象减少，可以保证长期的产量稳定。
人类显然等不起那么漫长的时间。
既然形状分离问题无法解决，那么如何解决杂交稻必须自花授粉限制，实现低成本大规模量产一代杂交稻种，就成了新的突破关键。
后世便出现了这样一个人，以雄性不育系水稻作为突破口实现了这一目的，并在之后用了自己大半生的时间，研究出了亩产高达2400斤的超级杂交稻。
这个人名为袁隆平。】
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